医院设有心血管内科一区、心血管内科二区、消化内科/职业病科、神经内科、呼吸内科、内分泌科、肿瘤内科、血液内科、肾内科、风湿免疫科、骨科、神经外科、普外一区（胃肠一组）、普外二区（胃肠二组）、普外四区（甲乳专业）、普外五区（胸心专业）、泌尿外科、乳腺小儿科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、老年病科（干部病房）、康复中医科（肛肠）、全科医学科、感染性疾病科、放疗科、麻醉科、重症监护科（ICU）、烧伤整形科、急诊科（院前急救）、手术室、介入科、疼痛科、检验科、影像科、超声医学科、临床药学药剂管理科、病理科、健康体检科、营养科、皮肤科、心电诊断、心理科等临床科室和医技科室。
一、福建省重点专科：康复医学科、心血管内科、老年病学科。
二、院级重点专科：骨科、儿科、神经外科。
三、院级重点发展专科：消化内科、神经内科、妇产科、麻醉科、医学影像科、检验科。
一、优势病种：冠状动脉粥样硬化性心脏病、高血压病、急性心肌梗死、心律失常、心力衰竭、主动脉夹层动脉瘤、心肌病、风湿性心脏病、先天性心脏病、中风（脑梗塞、脑出血）恢复期及后遗症、脑外伤后遗症、面瘫、周围神经损伤、颈椎病、腰椎病、膝关节骨性关节炎、肩周炎、肱骨外上髁炎、腕管综合征、腱鞘炎、脑性瘫痪、小儿自闭、小儿斜颈、言语吞咽功能障碍。
二、优势技术：各种心脏介入手术、腹主动脉夹层介入手术、脑血管病手术及介入治疗、铥激光前列腺剜除术、小儿纤支镜检查、小儿连续肾脏替代治疗、超声内镜检查、ERCP及内镜下早期胃癌筛查、早癌内镜ESD治疗、精准放疗、颈椎椎体次全切、颅底肿瘤显微手术、盆底重建术、等离子喉手术、体外循环心脏手术、瓣膜置换术、眼科复杂白内障超声乳化人工晶体植入、玻璃体视网膜手术、鼻内镜下泪道眼眶手术、各系统疾病的康复评定、神经疾患康复、骨科疾患康复、脊髓损伤康复、儿童康复、心肺疾患康复、慢性疼痛康复、埋线减肥、肉毒毒素注射治疗各类肌张力障碍性疾病。
